Historia świątyni sięga XIII wieku. Z tego okresu pochodzi także patronat. Około 1206 roku osiedlili się w tym miejscu cystersi z Koprzywnicy i założyli klasztor poświęcony świętemu Idziemu. Pierwsza wzmianka o istnieniu kościoła w tym miejscu pochodzi z 1247 roku, kiedy to król Bela IV potwierdził, że rozległe ziemie w okolicach Bardejowa („Terra Bardfa”) należą do zakonu. Na skutek nieoczekiwanych zmian cystersi opuścili to miejsce w drugiej połowie XIII wieku (około 1271 roku). Budowa kościoła rozpoczęła się w połowie XIV wieku, a część bazylikowa została ukończona w 1415 roku. W kolejnych stuleciach świątynia była kilkakrotnie zniszczona przez pożary, trzęsienia ziemi i bombardowanie w 1944 roku. Kościół był wielokrotnie przebudowywany. W 1990 roku dwa dzwony kościelne – Urban i Jan – pękły i dopiero z okazji podniesienia świątyni do rangi bazyliki mniejszej zostały zastąpione dzwonem Józef.
Do najcenniejszych eksponatów wewnątrz świątyni należą figura św. Idziego z oryginalnego ołtarza głównego, szafa ołtarzowa z ołtarza św. Elżbiety Węgierskiej, ołtarz Narodzenia Pańskiego (1480– 1490), ołtarz Ukrzyżowania z malowidłem przedstawiającym Veraikon, chrzcielnica z brązu, ołtarze Matki Boskiej, św. Erazma i św. Mikołaja.
Wnętrze kościoła zdobi unikatowy zbiór jedenastu późnogotyckich ołtarzy skrzydłowych z lat 1460–1520. Największą wartość reprezentuje ołtarz Narodzenia Pańskiego (ok. 1480–1490).
4 stycznia 2001 roku katedra św. Idziego otrzymała osobistą zgodę papieża Jana Pawła II na podniesienie do rangi bazyliki mniejszej. Zgoda została udzielona w formie brewe apostolskiego (czyli krótkiego listu). Brewe zostało wysłane do Kurii Arcybiskupiej w imieniu Ojca Świętego przez kardynała Angelo Sodano.
