Počiatky chrámu siahajú do 13. storočia. Z tohto obdobia pochádza patronát chrámu. Okolo roku 1206 sa na tomto mieste usadili cisterciánski mnísi z poľskej Koprzywnice a založili tu kláštor zasvätený svätému Egídiovi. Kráľovská listina z roku 1247, ktorou kráľ Belo IV. potvrdil rádu ich rozsiahle pozemky v okolí Bardejova („Terra Bardfa“), obsahuje prvú zmienku o existencii kostola na tomto území. V dôsledku náhlych zmien však cisterciáni v druhej polovici 13. storočia (okolo r. 1271) toto miesto opustili. Výstavba chrámu sa začala v polovici 14. storočia a stavba bazilikálnej časti bola ukončená v roku 1415. V priebehu ďalších storočí chrám poškodili požiare, zemetrasenia a bombardovanie v roku 1944. Chrám prešiel mnohými stavebnými rekonštrukciami. V roku 1990 pukli oba chrámové zvony – Urban a Ján a nahradené boli zvonom Jozefom pri príležitosti vyhlásenia chrámu za Baziliku minor.
Medzi najcennejšie exponáty patria: Socha sv. Egídia z pôvodného hlavného oltára,Oltárna skriňa Oltára sv. Alžbety Uhorskej či Oltár Narodenia Pána (1480-1490), Oltár Ukrižovania s maľbou – Veraikon, liata bronzová krstiteľnica či Oltár Panny Márie, sv. Erazma a sv. Mikuláša.
Interiér chrámu je zdobený jedinečným súborom jedenástich neskorogotických krídlových oltárov z rokov 1460-1520. Najcennejší je oltár Narodenia Pána (okolo rokov 1480 až 1490).
Dňa 4. januára 2001 bol Dómu sv.Egídia udelený osobný súhlas pápeža Jána Pavla II na povýšenie Chrámu sv. Egídia na menšiu baziliku. Súhlas bol udelený apoštolským breve (krátkym listom). Apoštolské breve zaslal na arcibiskupskú kúriu z poverenia Svätého Otca J. Em. kardinál Angelus Sodano.
