A templom eredete a 13. századra nyúlik vissza. A templom mecénása ebből az időszakból származik. 1206 körül a lengyelországi Koprzywnicából származó ciszterci szerzetesek telepedtek le ezen a helyen, és Szent Egidiusnak szentelt kolostort alapítottak. Egy 1247-ből származó királyi oklevél, amelyben IV. Béla király megerősítette a rendnek a Bardejov („Terra Bardfa”) közelében lévő kiterjedt birtokaikat, tartalmazza az első említést egy templom létezéséről ezen a területen. A hirtelen változások miatt azonban a ciszterciek a 13. század második felében (1271 körül) elhagyták a helyet. A templom építése a 14. század közepén kezdődött, és a bazilikális rész építése 1415-ben fejeződött be. A következő évszázadok során a templomot tüzek, földrengések és 1944-ben bombázások rongálták meg. A templom számos szerkezeti felújításon esett át.
1990-ben a templom két harangja – az Urbán és a János – elrepedt, és a templom minor bazilikává nyilvánítása alkalmából a József haranggal helyettesítették. A legértékesebb kiállítási tárgyak közé tartozik: az eredeti főoltárból származó Szent Aegidius szobor, a Szent Aegidius oltár oltárszekrénye, a Szent János oltár és a Szent János oltár.
Erzsébet vagy az Úr születésének oltára (1480-1490), a Keresztrefeszítés oltára festménnyel – Veraikon, öntött bronz keresztelőmedence vagy a Szűz Mária oltár, Szent Erzsébet és Szent Miklós oltára. A templom belsejét egyedülálló, tizenegy késő gótikus szárnyasoltár díszíti, amelyek 1460-1520-ból származnak. A legértékesebb az Úr születésének oltára (1480-1490 körül).
János Pál pápa személyes jóváhagyásával 2001. január 4-én a Szent Aegidius székesegyházat kisebb bazilikává emelték. A hozzájárulást egy apostoli breve (rövid levél) adta meg. Az apostoli brevet a Szentatya nevében Őfelsége Angelus Sodano bíboros küldte el az Érseki Kúriának.
