Az evangélikusok és reformátusok addig többnyire régebbi gótikus, korábban katolikus templomokat illetve csak kivételesen építettek újakat. Az alapkőletételre 1642. július 25-én került sor. A templomot több éven át íves fedett folyosó kötötte össze a déli traktus evangélikus kolégiumával 1716-ba. A templom többször leégett. Az eredeti belső templom berendezből csak néhány, a 17. század végi reneszánsz padsor maradt fenn, és késő barokk zsámolyok a 18. század utolsó harmadából. Az orgona 1642-től Eperjes egyik legszebb barokk műemléke közé tartozik. A 18.szádból származó bogáncs motívummal díszített takarót, az 1900-ban szervezett Párizsi világkiállításon állítottak ki. A székesegyház domináns eleme a klasszicista stílusban épült oltár 1865-ben. Középen egy bibliai témájú festmény Jézus a Szamaritánus asszonnyal. Az eredeti festményt Viktória brit királynő udvari festője festette Brocky Károly. A bal lépcső alatt egy oldalkripta található a négy az 1687 -ti Eperjesi véres bíróság áldozatainak földi maradványaival. A templom kriptájában 17 jezsuita szerzetes és egy elöljárója maradványai vannak, akiket a 18. században temettek el. A szomszédos evangélikus kollégiumal a reformáció és az ellenreformáció történetének krónikáját alkotja. 89 évig dolgozott ott a jezsuiták rendje, ennek feloszlatása után a templomot a kollégiummal együtt nyilvános árverésre bocsátották, majd a 18. században az evangélikusoknak sikerült visszaszerezni (meg)vásárolni.
